Houve uma preocupação particular com a interface. Precisava-se facilitar ao máximo a navegação pelo sistema, pois os usuários que o utilizariam não têm, necessariamente, familiaridade com informática.
Ao mesmo tempo que havia necessidade de facilitar a navegação, seria desejável que se reutilizasse ao máximo o código HTML, facilitando a manutenção das páginas. Nem sempre o design de uma página era ideal para todos os tipos de dados que desejava-se apresentar, e a escolha de um design padrão não foi uma tarefa fácil. Um design padrão era essencial, pois desejava-se manter uma similaridade entre as páginas ao mesmo tempo que a apresentação dos dados fosse satisfatória.
Uma solução adotada, que facilitou bastante o desenvolvimento das páginas e diminuiu a possibilidade de ocorrência de erros, foi o controle de layout. Esta solução é uma extensão do Velocity, e está disponível na página do projeto Jakarta. Na solução convencional, um template possui diretivas que indicam a inclusão do código de outras páginas (usadas para reutilização de código que são comuns a muitas páginas, como cabeçalho, rodapé e menu), porém há a desvantagem de se repetir a diretiva em todas as páginas que a utilizarão, o que dificulta uma futura alteração da diretiva. Já na solução adotada, um arquivo de template contém apenas o corpo de uma página, e este corpo é inserido em uma página de layout automaticamente pelo sistema de templates.
Uma dificuldade encontrada no desenho da interface está relacionada a montagem de um processo. O objetivo inicial era que o usuário fosse capaz de montar um processo da forma mais intuitiva possível, sem a necessidade de conhecer os conceitos de uma Rede de Petri colorida. Nenhuma interface conseguiu atingir este objetivo, e após as tentativas fracassadas, observou-se que não seria um problema o usuário conhecer Redes de Petri, pois a criação de um processo não seria uma tarefa rotineira, além desse conhecimento ser necessário para analisar as atividades de uma organização e definir quais serão os processos.
Outro problema enfrentado foi a modificação das interfaces durante o desenvolvimento do sistema. Nem sempre se conseguiu manter o desenho original das interfaces, o que, na maioria das vezes, gerava alterações em outras interfaces, atrasando o desenvolvimento do projeto.