Aluno: Gustavo Rodrigues Cayres Silva
Supervisores: Marcelo da Silva Reis
Tema: Desenho e simulação de modelos de computacionais da dinâmica de replicação de DNA em kinetoplastídeos
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A replicação de DNA de células eucariotas é um processo que ocorre essencialmente de forma paralelizada, iniciando-se diversas vezes ao longo da fase S do ciclo celular em sítios denominados "origens de replicação". Todavia, a dinâmica desse processo é sujeita a fatores tais como a frequência de disparo de cada origem e eventuais colisões entre as maquinarias de replicação e de transcrição. Existe a hipótese de que essa dinâmica esteja por trás das diferenças de arquitetura genômica entre Trypanosoma cruzi e outros kinetoplastídeos. Para investigar essa questão, neste projeto propomos a construção de um modelo computacional estocástico para estudar as propriedades dinâmicas da replicação em T. cruzi, em particular aspectos das colisões que ocorrem durante esse processo. Esse modelo computacional será desenhado utilizando cadeias de Markov, implementado em Python e ajustado utilizando informações biológicas da literatura e também as produzidas em nosso laboratório. Esperamos, ao simular o modelo ajustado com diferentes condições, descobrir propriedades emergentes da dinâmica de replicação de DNA em T. cruzi e, num segundo momento, também em outros kinetoplastídeos e em levedura. Esta proposta é uma atualização de uma proposta, enviada para a FAPESP e já aceita, contemplando o projeto de Iniciação Científica (processo 2016/17775-3) que será realizado sinergicamente a este Trabalho de Conclusão de Curso.