Trabalho de Conclusão de Curso
Implementação do método WGCNA em GPU
Leonardo Costa Santos
nºUSP: 10783142
Orientador: Prof. Ronaldo Hashimoto
Resumo
Weighted Gene Correlation Network Analysis é uma importante técnica de análise de dados de expressão gênica, como dados de microarray ou RNA-seq. Ela pode ser utilizada para estudar as relações entre diferentes conjuntos de genes, encontrar genes correlacionados à sintomas ou outras características clínicas de um organismo, e para calcular biomarcadores e genes alvo para tratamentos. Neste trabalho, o WGCNA foi implementado em GPU através da plataforma CUDA, com o objetivo de obter maior performance que as implementações em CPU disponíveis atualmente.